Las funciones de la Gerencia de Puertos se indican en el artículo 77 del Reglamento Orgánico del Instituto Nacional de los Espacios Acuáticos, Publicado en la Gaceta Oficial Nº Extraordinaria N° 5.724 de fecha 05/08/2004.
a. Formular y proponer el establecimiento de políticas y lineamientos para la elaboración del Plan Nacional de Desarrollo Portuario y de los planes de contingencia, en materia portuaria.
b. Ejecutar la Política del Estado y controlar la Gestión del Sistema Nacional de Puertos.
c. Evaluar los Planes Maestros elaborados por las administraciones portuarias y conformar el Plan Nacional de Desarrollo Portuario.
d. Elaborar el diagnóstico sobre la situación del sistema portuario nacional y formular los planes y programadas de acción a ser ejecutados.
e. Mantener información actualizada sobre los puertos, construcciones de tipo portuario, infraestructura portuaria, zonas portuarias y espacios portuarios que conforman el sistema portuario nacional.
f. Mantener información actualizada sobre la extensión terrestres, la demarcación del espacio físico operacional y la circunscripción de cada puerto, determinando las aéreas reservadas para su expansión y de las zonas industriales anexas a las mismas.
g. Elaborar informes periódicos sobre la evaluación del sistema portuario nacional, formulando recomendaciones y propuestas para su corrección y mantenimiento.
h. Evaluar las solicitudes de concesiones, habilitaciones y autorizaciones, a fin de verificar el cumplimiento de los requisitos exigidos por la Ley y efectuar la recomendación sobre su otorgamiento.
i. Efectuar el seguimiento de los contratos de concesión, habilitación y autorización para la operación, administración y mantenimiento de los puertos, a fin de establecer las condiciones relativas al suministro de información y periodicidad del pago de derechos.
j. Consolidar la información relativa al movimiento de cargas y de buques y de los informes de gestión remitidos por las administraciones portuarias.
k. Recopilar información sobre ingresos brutos recaudados por las administraciones portuarias, a fin de cuantificar el monto a facturar por concepto de derechos.
l. Cooperar con las administraciones portuarias en la planificación de la utilización de los espacios portuarios y en la realización e implementación de estudios y proyectos necesarios para la integración del Sistema Nacional de Transporte.
m. Orientar a las administraciones portuarias en materia de inversión y desarrollo de nueva infraestructura portuaria, mediante políticas y lineamientos de carácter económico específico, tendentes a estimular la participación privada.
n. Evaluar las solicitudes de terminación de las concesiones, habilitaciones y autorizaciones y proponer el destino de las mismas, conforme a lo establecido en la ley.
o. Coordinar y supervisar la elaboración, consolidación y procesamiento de parámetros en materia de estadísticas portuaria, de acuerdo a lo establecido en la Ley de Función Pública de Estadísticas.
p. Ejecutar las funciones inherentes al Convenio de Facilitación Marítima Portuaria y otros acuerdos internacionales en materia portuaria.
q. Elaborar propuestas sobre la fijación de tarifas portuarias y otras actividades conexas.
r. Velar por el cumplimiento de la normativa ambiental vigente aplicable en el ámbito portuario, en coordinación con la Gerencia de Seguridad Integral y el Ministerio del Ambiente y de los Recursos Naturales.
s. Promover la formación y capacitación del personal portuario, con la finalidad de garantizar su calificación para la prestación eficiente de los servicios portuarios.
t. Supervisar que las administraciones portuarias constituyan un registro de empresas suministradoras de recursos humanos así como un registro auxiliar de personas naturales y jurídicas que realicen actividades en la zona portuaria, distintas de las operaciones portuarias.
u. Coordinar la ejecución de los convenios internacionales en el ámbito de su competencia.
v. Determinar la imposición de sanciones derivadas del incumplimiento de la normativa estipulada en la Ley General de Puertos.
w. Las demás funciones que atribuyan las leyes, reglamentos y actos normativas.